従業員の健康診断は本当に経費？個人事業主や役員も対象？対象パターンを紹介！

事業を営む上で、従業員の健康診断にかかる費用を経費として計上できるのか、気になる方は多いのではないでしょうか。特に、個人事業主や役員の場合はどうなるのか、判断に迷うこともあるでしょう。実は、健康診断費用の経費計上には、明確なルールが存在します。

本記事では、従業員の健康診断費用が経費になるケースと、ならないケースについて詳しく解説。個人事業主や役員など、立場によって異なる取り扱いも紹介していきます。

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【結論】従業員の健康診断は基本的に経費になる

結論から申し上げますと、従業員の健康診断費用は、条件を満たせば経費として計上できます。

労働安全衛生法では、事業主に対して従業員への健康診断実施が義務付けられています。そのため、会社が負担する従業員の健康診断費用は、福利厚生費や法定福利費として経費処理が可能です。

ただし、経費として認められるには、いくつかの重要な条件があります。まず、健康診断が全従業員を対象としていること。特定の従業員だけを対象とした健康診断は、給与とみなされる可能性があるため注意が必要です。

また、健康診断の内容も一般的な検査項目に限られます。人間ドックのような高額な精密検査や、特定の疾患に特化した検査費用は、経費として認められない場合も。会社の業務に直接関係のある健康管理の範囲内であることが求められるのです。

健康診断が経費対象になるパターン

健康診断費用が経費として認められるかどうかは、実施する健診の種類や対象者、支払い方法などによって異なります。ここでは、経費対象となる主なパターンを紹介していきましょう。

具体的には、以下のようなケースが経費として認められます。

• 法定健康診断
• 全従業員を公平に対象とした一般的な健診
• 会社が直接医療機関へ支払った場合
• 一定の範囲内での人間ドックや追加健診
• パート・アルバイトを含めた雇用形態に応じた健診費用
• 役員も従業員と同じ健診であれば経費対象

それぞれのパターンについて、詳しく見ていきましょう。

法定健康診断は経費になる

労働安全衛生法で義務付けられている法定健康診断の費用は、確実に経費として認められます。

法定健康診断とは、企業が従業員に対して実施しなければならない健康診断のこと。雇入れ時の健康診断や、年1回の定期健康診断などが該当します。これらは事業主の法的義務であるため、福利厚生費として計上が可能です。

法定健康診断の検査項目には、身長・体重測定、視力・聴力検査、血圧測定、尿検査、胸部X線検査、血液検査などが含まれます。これらの基本的な検査項目であれば、問題なく経費処理できるでしょう。

全従業員を公平に対象とした一般的な健診も対象

法定健康診断に加えて、全従業員を公平に対象とした健康診断であれば、経費として認められます。

ここで重要なのは「公平性」です。特定の役職者だけ、特定の部署だけといった偏った対象設定では、給与とみなされるリスクがあります。正社員だけでなく、契約社員やパート・アルバイトなど、すべての雇用形態を含めた対象設定が理想的です。

ただし、検査内容は一般的な健康診断の範囲内にとどめる必要があります。過度に高額な検査や、特殊な検査項目は経費として認められない可能性も。常識的な範囲での健康管理という視点が大切になります。

会社が直接医療機関へ支払った場合

健康診断費用の支払い方法も、経費計上の可否に影響します。会社が医療機関に直接支払った場合は、経費として認められやすくなります。

一方、従業員が一旦費用を立て替えて、後から会社に請求するケースには注意が必要です。このような場合、税務上は従業員への給与として扱われる可能性があるため、所得税の課税対象となることも。

経費として確実に処理するためには、会社と医療機関が直接契約を結び、会社が費用を支払う形式が望ましいでしょう。集団健診を利用したり、提携医療機関と契約したりするのも有効な方法です。

一定の範囲内での人間ドックや追加健診

基本的な健康診断を超える検査についても、一定の条件を満たせば経費として認められる場合があります。

人間ドックのような詳細な検査でも、全従業員を対象とし、会社の福利厚生制度の一環として実施されるものであれば、経費計上できる可能性があります。ただし、あまりに高額な検査や、特定の個人だけが受けられる特別な検査は、給与とみなされやすいため注意しましょう。

また、追加の健康診断についても同様です。例えば、特定の業務に従事する従業員に必要な特殊健康診断は、業務との関連性が明確であれば経費として認められます。会社の業務上必要な範囲内であることがポイントになります。

パート・アルバイトを含めた雇用形態に応じた健診費用

健康診断の実施義務は、雇用形態によって異なる基準が設けられています。

法定健康診断の対象となるのは、「1年以上の雇用が見込まれ、週の労働時間が正社員の4分の3以上」の従業員です。この基準を満たすパート・アルバイトであれば、正社員と同様に健康診断を実施する必要があり、その費用も経費として認められます。

短時間勤務のパート・アルバイトについては、法的な実施義務はありません。ただし、会社の福利厚生として全従業員を対象に健康診断を実施する場合、その費用は経費計上が可能です。重要なのは、雇用形態による不公平な取り扱いをしないこと。明確な基準を設けて、公平に実施することが求められます。

役員も従業員と同じ健診であれば経費対象

会社の役員についても、従業員と同じ条件で健康診断を受ける場合は、経費として認められます。

ここでのポイントは「従業員と同じ条件」という部分。役員だけが特別に高額な人間ドックを受けたり、特殊な検査を受けたりする場合は、役員報酬とみなされる可能性が高くなります。

一方、全従業員を対象とした健康診断制度の中で、役員も同じ内容・同じ費用負担で受診するのであれば問題ありません。福利厚生の一環として、公平に提供されているものであれば、役員の健診費用も経費計上できるのです。

健康診断が経費対象にならないパターン

健康診断費用がすべて経費になるわけではありません。条件を満たさない場合は、給与や個人的な医療費として扱われることになります。ここでは、経費として認められないケースを確認していきましょう。

主に以下のようなパターンでは、経費計上が認められません。

• 役員のみや特定従業員だけを対象とした健診費用
• 高額な人間ドックやオプション検査
• 従業員家族の健診費用を会社が負担する場合
• 従業員が個人的に受けた健診の費用
• 治療を目的とする再検査・診療費用

それぞれ詳しく見ていきます。

役員のみや特定従業員だけを対象とした健診費用

特定の人だけを対象とした健康診断費用は、経費として認められません。

例えば、役員や管理職だけが受けられる特別な健康診断、特定の部署のみを対象とした検査などは、公平性を欠くと判断されます。このような場合、健康診断費用は給与や役員報酬とみなされ、受診した本人に所得税が課税される可能性が高くなるでしょう。

経費として認めてもらうためには、全従業員に平等に機会が与えられていることが必須条件です。もし役職や勤続年数によって健診内容に差をつける場合でも、明確な基準を設けて、恣意的な選択ではないことを示す必要があります。

高額な人間ドックやオプション検査

一般的な健康診断の範囲を超える高額な人間ドックやオプション検査は、経費として認められにくくなります。

健康診断費用の上限について法的な定めはありませんが、常識的な範囲を超える費用は「個人的な医療費」と判断されやすいのです。例えば、数十万円かかるような精密検査や、美容目的に近い検査項目などは要注意でしょう。

PET検査や遺伝子検査といった特殊な検査、最先端の医療技術を用いた高額な検査については、会社の福利厚生の範囲を超えていると見なされる可能性があります。一般的な企業が実施する健康診断の水準を目安に、適切な費用設定を心がけることが大切です。

従業員家族の健診費用を会社が負担する場合

従業員の家族が受ける健康診断の費用は、原則として経費になりません。

労働安全衛生法で義務付けられているのは、あくまで従業員本人の健康診断です。配偶者や子どもなど、家族の健診費用を会社が負担した場合、それは従業員への給与として扱われることになります。

ただし、健康保険組合が実施する家族向けの健康診断については別の扱いとなります。健康保険制度の一環として行われるものであれば、会社が補助を出すことも可能です。しかし、これはあくまで健康保険の枠組みでの話であり、会社独自の福利厚生として家族の健診費用を負担する場合とは異なります。

従業員が個人的に受けた健診の費用

従業員が自分の判断で受けた健康診断の費用を、後から会社に請求しても経費として認められないケースがあります。

会社の制度として定められていない健康診断を、従業員が個人的に受診し、その費用を会社に請求する場合は注意が必要です。このような費用は、たとえ会社が支払ったとしても、従業員への給与として扱われる可能性が高くなります。

経費として適切に処理するためには、事前に会社の制度として健康診断の実施を決定し、対象者や検査内容、費用負担の方法などを明確にしておくことが重要でしょう。個別対応ではなく、制度化された仕組みの中で実施することがポイントになります。

治療を目的とする再検査・診療費用

健康診断の結果、異常が見つかった場合の再検査や治療費用は、個人の医療費として扱われます。

健康診断はあくまで健康状態を確認するためのものです。何らかの疾患が疑われた場合の精密検査や、実際の治療行為にかかる費用は、健康診断とは別物として考える必要があります。

これらは個人の医療費に該当するため、会社の経費として計上することはできません。従業員本人が医療費として支払い、必要に応じて医療費控除を受けることになります。健康診断と治療の境界線をしっかりと理解しておくことが大切です。

個人事業主やその従業員は対象？

法人と個人事業では、健康診断費用の取り扱いが異なります。特に個人事業主本人の健診費用については、多くの方が誤解しやすいポイントです。ここでは、個人事業主とその従業員における健康診断費用の扱いを解説していきましょう。

個人事業主本人は対象外

個人事業主本人が受ける健康診断の費用は、残念ながら経費として認められません。

これは、個人事業主本人が労働安全衛生法における「労働者」に該当しないためです。同法で定められた健康診断の実施義務は、事業主が従業員に対して負うものであり、事業主本人は対象外となります。

そのため、個人事業主が自分自身の健康診断を受けた場合、その費用は事業の経費ではなく、個人的な医療費として扱われることになります。ただし、確定申告の際に医療費控除の対象とすることは可能です。年間の医療費が一定額を超えた場合は、医療費控除を活用するとよいでしょう。

なお、法人の一人社長についても同様の扱いとなります。会社の代表取締役という立場であっても、従業員がいない場合は労働安全衛生法の適用対象外です。自身の健康診断費用を役員報酬として処理することもできますが、税務上のメリットは限定的になります。

雇用している従業員は経費になる

一方、個人事業主が雇用している従業員の健康診断費用は、法人と同様に経費として計上できます。

個人事業主であっても、従業員を雇用していれば事業主としての義務が発生します。労働安全衛生法に基づき、一定の条件を満たす従業員には健康診断を実施しなければなりません。この法定健康診断にかかる費用は、福利厚生費として必要経費に算入が可能です。

対象となるのは、1年以上の雇用が見込まれ、週の労働時間が正社員の4分の3以上の従業員。この基準を満たす従業員がいる場合は、年1回の定期健康診断を実施する義務があります。

個人事業主の場合も、法人と同じく公平性が重要です。特定の従業員だけを対象とするのではなく、条件を満たす全従業員を平等に扱う必要があります。また、会社が医療機関に直接支払う形式にすることで、確実に経費として処理できるでしょう。

健診の経費対象の一覧表

ここまで解説してきた内容を、わかりやすく表にまとめました。健康診断費用が経費になるかどうかの判断に、ぜひ活用してください。

対象者・ケース	経費計上	勘定科目	備考
従業員の法定健康診断	○	福利厚生費	労働安全衛生法で義務付けられている健診
全従業員対象の一般健診	○	福利厚生費	公平性が保たれていることが条件
パート・アルバイトの健診	○	福利厚生費	週の労働時間が正社員の4分の3以上など条件を満たす場合
役員の健診(従業員と同条件)	○	福利厚生費	従業員と同じ内容・費用であることが必要
会社が医療機関へ直接支払い	○	福利厚生費	経費として認められやすい支払い方法
一定範囲内の人間ドック	△	福利厚生費	全従業員対象で常識的な費用範囲内であれば可
役員のみの特別な健診	×	–	公平性を欠くため役員報酬扱いになる
特定従業員だけの健診	×	–	給与として課税される可能性が高い
高額な人間ドック	×	–	一般的な範囲を超える費用は個人的医療費扱い
従業員家族の健診	×	–	従業員への給与として扱われる
個人的に受けた健診の精算	×	–	制度化されていない個別対応は給与扱い
再検査・治療費用	×	–	健康診断ではなく個人の医療費に該当
個人事業主本人の健診	×	–	労働者に該当しないため経費対象外
法人の一人社長の健診	×	–	従業員がいない場合は対象外
個人事業主の従業員の健診	○	福利厚生費	法人と同様に経費計上可能

経費として認められるポイント

• 全従業員を対象とした公平な制度であること
• 一般的な健康診断の範囲内の費用であること
• 会社が医療機関に直接支払うこと
• 法定健康診断など、事業上の必要性があること

経費として認められないポイント

• 特定の人だけを優遇する不公平な制度
• 常識的な範囲を超える高額な検査
• 家族や事業主本人など、従業員以外の健診
• 治療目的の検査や診療費用

この表を参考に、自社の健康診断制度が経費として適切に処理できるかどうか、確認してみてください。判断に迷う場合は、税理士などの専門家に相談することをおすすめします。

健康診断を経費にするために押さえるべき5つのポイント

健康診断費用を確実に経費として計上するためには、いくつかの重要なポイントを押さえておく必要があります。ここでは、税務上のトラブルを避け、適切に経費処理するための5つのポイントを紹介しましょう。

全従業員対象の健康診断か？

最も重要なのは、公平性を保った制度設計です。

健康診断を経費として認めてもらうためには、全従業員を対象とした公平な制度であることが大前提となります。正社員だけでなく、契約社員・パート・アルバイトなども含め、雇用形態による不当な差別がないように注意しましょう。

ただし、労働時間や雇用期間によって対象者を区分することは認められています。例えば「週の労働時間が正社員の4分の3以上で、1年以上の雇用が見込まれる従業員」といった明確な基準を設けることは問題ありません。

重要なのは、恣意的な選択ではなく、合理的な基準に基づいて対象者を決めることです。「Aさんだけ」「この部署だけ」といった特定の個人や集団を優遇する形は避けましょう。

費用がかかりすぎていないか？

健康診断の費用が常識的な範囲内に収まっているかも重要なチェックポイントです。

法律で費用の上限が定められているわけではありませんが、一般的な健康診断の相場を大きく超える金額は、税務調査で指摘を受ける可能性があります。基本的な法定健康診断であれば1万円前後、充実した内容でも3万円程度が目安となるでしょう。

数十万円かかるような豪華な人間ドックや、特殊な検査項目を多数含む健診は要注意です。これらは個人的な医療費として扱われ、受診した従業員への給与とみなされるリスクがあります。

費用対効果も考慮しながら、会社の規模や業種に見合った適切な内容・金額の健康診断を選択することが大切です。

会社が直接医療機関へ支払う

支払い方法も経費計上の可否を左右する重要な要素です。

最も確実な方法は、会社が医療機関と直接契約を結び、会社の口座から費用を支払うこと。この方法であれば、健康診断費用が従業員への給与ではなく、会社の福利厚生費であることが明確になります。

逆に、従業員が一旦立て替えて後から会社に請求する方法は、給与として扱われるリスクが高くなります。税務上は従業員への金銭の支給とみなされ、所得税の課税対象となる可能性も。

集団健診を利用したり、提携医療機関を決めて直接支払いの契約を結んだりするなど、会社主導の仕組みを作ることをおすすめします。

適切な勘定科目で処理する

健康診断費用を帳簿に記録する際は、正しい勘定科目を使用しましょう。

健康診断費用は、一般的に「福利厚生費」として計上します。福利厚生費とは、従業員の福利厚生のために支出した費用を処理する勘定科目です。法定健康診断など法律で義務付けられているものについては「法定福利費」を使用する場合もあります。

勘定科目を誤ると、税務調査の際に指摘を受けたり、正確な経営分析ができなくなったりする恐れがあります。一度決めた勘定科目は継続的に使用し、年度ごとに変更しないことも重要です。

どの勘定科目を使用するか迷った場合は、顧問税理士に相談するとよいでしょう。会社の会計方針に合わせた適切な処理方法を教えてもらえます。

社内規程を整備する

健康診断制度を社内規程として文書化しておくことも大切なポイントです。

就業規則や福利厚生規程に健康診断の実施について明記しておけば、会社の制度として健康診断を実施していることが明確になります。対象者、実施時期、検査内容、費用負担などを規程に定めておきましょう。

規程を整備することで、税務調査の際にも制度の正当性を説明しやすくなります。また、従業員に対しても健康診断の内容や受診方法を明確に示すことができ、運用面でもスムーズになるでしょう。

規程には、以下のような項目を盛り込むとよいでしょう。

これらのポイントをしっかり押さえることで、健康診断費用を安心して経費計上できます。

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健康診断の費用を適切に経費計上することも大切ですが、それと同じくらい重要なのが、従業員の日常的な健康管理です。年に1回の健康診断だけでなく、毎日の健康状態を把握し、従業員が自発的に健康づくりに取り組める環境を整えることが、企業の生産性向上にもつながります。

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健康診断を確実に経費計上しながら、日々の健康管理も充実させる。この両輪で、従業員の健康を守り、会社の発展につなげていきましょう。